Nello stabile dell’istituto si trovano laboratori attrezzati per la ricerca in campo biologico e chimico degli ecosistemi acquatici.
Le linee di ricerca attuali sono:
1. Caratteristiche fisiche dei laghi e dei loro bacini imbriferi
2. Ecofisiologia di reti trofiche lacustri:
3. Eutrofizzazione ed evoluzione dei laghi
4. Macro e micro inquinanti ambientali
5. Strategie di gestione e recupero di ambienti lacustri
Nell’istituto si trova poi una biblioteca che è una delle più antiche e complete nel settore delle scienze delle acque interne. In essa sono raccolte circa 600 riviste scientifiche quasi 6000 volumi specialistici e 50000 estratti catalogati.
La Sezione di Idrobiologia continua l'attività editoriale dell'Istituto Italiano di Idrobiologia che, dal 1999, è confluita in una nuova rivista internazionale, il Journal of Limnology.
L’Istituto è poi attrezzato con una aula incontri dedicata a Voittorio e Livia Tonolli in cui frequentemente vengono tenuti seminari specialistici e una foresteria.