Durante il Pleistocene (da 1.650.000 a 10.000 anni fa) la Val d'Ossola ha probabilmente ospitato un enorme ghiacciaio, che, all'altezza del Mont'Orfano, si divideva in due rami: uno scendeva verso il Lago Maggiore mentre l'altro si dirigeva verso il Lago d'Orta.
Alla fine dell'ultima glaciazione (circa 10.000 anni fa) il fiume Toce iniziò a depositare materiale detritico. Il continuo apporto di sedimenti ha portato al progressivo interramento e livellamento della depressione fino a costituire l'attuale piana.

Continuando ad accumulare materiale il Toce (probabilmente nel XV secolo d.C.) ha poi separato il Lago Maggiore da quello di Mergozzo.
Nel 1899 si è registrata l'ultima importante variazione dell'assetto naturale del fiume che ha spostato verso Sud il suo sbocco nel lago, dai pressi dell'area detta "della Crociera" al luogo dove lo vediamo oggi.
Parte della piana alluvionale costituisce oggi La Riserva Naturale Speciale di Fondotoce, istituita nel 1990 dalla Regione Piemonte per proteggere un’area caratterizzata da un’intensa attività umana.