La sala delle Armi è la prima che si incontra entrando nel palazzo: raccoglie armi, armature e proiettili del XVII secolo.
Attraverso lo scalone, decorato da stemmi a stucco dei Borromeo e delle casate imparentate, si accede al piano nobile.
La sala delle Medaglie è tra le più adorne di stucchi e decori in legno dorato.
Solenne ed elegante, celebrativo della casata dei Borromeo, è il Salone Grande, probabilmente destinato ad accogliere gli ospiti più importanti.
Di grande interesse è la sala detta della Musica che deve il suo nome agli antichi strumenti custoditi; qui, nell'aprile 1935, si svolse la Conferenza di Stresa tra Mussolini, Laval e Mac Donald che avrebbe dovuto garantire la pace europea. I quadri alle pareti sono del fiammingo Pieter Muller il giovane, conosciuto come "il tempesta" (1637-1701); notevoli gli arredi: il tappeto in broccato rosso e oro, le sedie foderate con velluto di Zoagli, i vasi cinesi, il lampadario di Murano e il busto di Elisabetta Borromeo.
Altrettanto interessante è la sala di Napoleone: l'arredo rispecchia i gusti dell'imperatore e le tendenze del tempo: stile Direttorio e Impero per tavoli, divani e specchi. Napoleone soggiornò sull’Isola accompagnato da Giuseppina Beauharnais nel 1797.
Attraverso la sala della biblioteca, che ospita altri dipinti di scuola veneta, si accede alla sala di Luca Giordano (1632-1705): quest'ultima accoglie tre grandi tele dell'artista napoletano; cristallerie, vasi orientali e i begli stipi decorati completano l'arredamento.
Più intima la sala di lavoro, tra i quadri di avi e personaggi di casa Borromeo spicca un dipinto di Elisabetta: è ritratta la culla dove dorme il figlio Gilberto.
Prima di arrivare alla grande sala da ballo, si accede alla sala dello Zuccarelli (1702-1788), cosiddetta per la presenza di opere del pittore toscano. Qui si trova il tavolino donato da papa Leone XIII a Gilberto Borromeo.
Un immenso lampadario di Boemia, finti marmi e stucchi, divani stile Impero rievocano i fasti nel salone da ballo tra i più eleganti e raffinati del palazzo.