La varietà delle rocce presenti ha contribuito all’evoluzione di una morfologia diversificata e complessa. Si possono riconoscere tre fasi morfologiche, una precedente, una contemporanea e una successiva alle glaciazioni del Quaternario. La morfologia pre glaciale è riconoscibile soprattutto nelle profonde forre che caratterizzano gran parte del corso del torrente San Bernardino e dei suoi affluenti. Queste grandi escavazioni da parte del torrente di rocce anche di notevole durezza indica come per un lungo periodo è stato presente un drastico abbassamento del livello di base dell’erosione. Ciò è probabilmente dovuto alla fase di ritiro del Mediterraneo: i corsi d’acqua per raggiungere il livello del mare dovevano dunque incidere maggiormente il substrato roccioso.Data la tenacia delle rocce presenti in quest’area, una notevole importanza nell’evoluzione dei reticoli idrografici hanno avuto i sistemi di fratture e faglie minori presenti, ed in second’ordine l'andamento dei piani di scistosità delle rocce. Queste linee preferenziali di debolezza hanno permesso un’azione più incisiva dei corsi d’acqua.

I torrenti, dotati di grande capacità erosiva, hanno originato le profonde incisioni nella roccia: la sabbia e i ciottoli trasportati dalla corrente e rimasti intrappolati in cavità del fondo roccioso, mossi dalle acque vorticose, lentamente scavarono nella roccia le caratteristiche "Marmitte dei Giganti". Le si può trovare nella parte alta del torrente, dove il torrente è giovane ed  impetuoso, ed anche di minori scendendo verso la foce. Al pozzone di Santino, per esempio.                      Il glacialismo Quaternario ha lasciato tracce quasi esclusivamente nelle parti a più modesta altitudine della valle del torrente San Bernardino; ciò è dovuto al fatto che gli apparati glaciali più imponenti scorrevano a quote più basse di quelle della maggior parte dei crinali della Val Grande, mentre i corpi glaciali all’interno della valle dovevano essere di dimensioni molto ridotte.

L’ultima delle glaciazioni del Quaternario ha lasciato le tracce maggiori per quanto riguarda gli attuali depositi superficiali di natura morenica, mentre il modellamento delle valli è dovuto alla intera serie delle glaciazioni.